企业所得税是我国现行税制中的主要税种之一，也是我国财政收入的主要来源。受税制及管理模式、手段、方法等方面的影响，目前所得税管理仍为基层税收管理中的薄弱环节，成为税收管理工作中的难点和弱点。
一、当前所得税管理中存在的问题
1、从征管力量来看，基层税务机关普遍没有专设所得税岗，所得税管理队伍不同程度地存在“断层”，熟悉所得税业务的管理人员严重不足，“疏于管理，淡化责任”的现象依然存在。随着经济的发展、纳税户数的增加和各项管理措施的不断细化，税收管理员日常事务性工作较为繁杂，面临较大的工作压力，同时也造成所得税税源管理的重点不突出，深入业户了解情况的时间较少，影响了税源管理的实效性。
2、从税收管理员业务水平来看，由于企业所得税涉税事项复杂繁多，行业日趋多样化，业务的专业性，范围的广泛性，职业的判断性，都要求管理人员熟悉专业知识，掌握较高的业务技能和职业判断能力，而目前税收管理员业务能力参差不齐，除了历史原因和年龄结构不合理等客观因素外，知识更新不能及时与税源管理形势变化相适应，成为制约所得税管理工作的瓶颈问题。
3、从税基控管方面来看，由于企业成分异常复杂、经营方式多种多样，财务核算不规范、账面信息真实度低，且存在着大量的现金交易。在我国现有法制和货币金融监管水平下，税务部门缺乏有效的税源监控手段控制企业的资金流、货物流，因此，所得税的税源控管变得异常艰难。一是企业账务核算数据的真实度差。从目前企业的总体情况而言，绝大多数企业属于规模较小或处于创业和成长阶段的中小企业，其财务人员有的只是经过短期的学习培训就从事财务工作，有的身兼数家企业会计，财务核算水平参差不齐。大部分企业财务核算中往往唯企业法人是从，缺乏依法规范执业意识，企业的财务核算不能准确体现其经营成果。二是两元化管理的存在形成执法和税负不公。新办企业的企业所得税由国税部门来征收管理，而原来的老企业由地税部门来管理，二者在所得税管理、税收政策执行差异、企业所得税计算上方法不同、繁简各异，很容易出现同地区、同行业、同规模企业的税负不一，导致同类型或同规模企业的税负差异较大，影响了税收秩序。三是随着新会计准则体系的公布实施，会计标准、会计核算内容更加复杂，企业会计制度和税法的差异调整也更加繁杂，增加了税务机关执行政策的难度。
二、解决企业所得税征管难点对策研究
1、优化人员配置，充实企业所得税管理力量。根据企业所得税发展趋势和目前新办企业快速增长的形势，现有的机构和力量远远不适应。要按照管理力量与担负任务相匹配、管理效能最大化的原则，合理确定机关和基层分局、管理一线人员比例。根据干部的年龄层次、知识层次、专业水平，将每个干部安排到最合适的岗位，实现人适其事、事适其人、人尽其才、才尽其用。基层分局业务部门必须配备企业所得税管理专职人员，保持相对稳定。并将专业对口、熟悉财会知识、业务能力强的年轻干部充实到所得税管理队伍中，以缓解人员不足、工作量大的压力。
2、建立和完善所得税岗责体系，强化执法责任制，严格绩效考核。一是科学设置岗位职责和工作流程，形成科学、严密的流程体系，在坚持依法治税原则的前提下，尽可能简并流程、减少工作环节，缩短业务流程路径，减少存档的纸质资料，实现业务流程无阻滞、业务衔接无缝隙、协调配合无缺位、监督预警无盲区。二是要尽量减少税收管理员的日常事务性工作，进一步突出税收管理员的工作重点。必须在实施综合管理的基础上，突出工作重点，切实履行管户与管事职能，有针对性地加强对所得税重点税源企业、纳税异常企业的管理，强化实地调查、核查工作，深入了解纳税人的生产经营情况，变宽泛管理为深入管理。进一步解决所得税管理长期被边缘化的问题，在日常税收征管工作中，应避免出现增值税管理一枝独秀的现象，采取增值税、企业所得税管理并重的管理模式，以适应新形势发展的需要。三是针对当前国税工作日益繁重、基层一线人少事多矛盾日益突出的情况，大力实施绩效管理，激发广大国税干部工作热情，推进国税部门整体绩效提升，挖掘人力资源潜力，促进税收科学化、专业化、精细化管理效能的提高，创新基层管理方式、有效解决“干与不干一个样，干多干少一个样”问题。